Стационар Щекинской детской городской больницы состоит из четырех отделений:

- инфекционно-боксированное отделение – 20 коек;

- педиатрическое (соматическое) отделение – 40 коек;

- неврологическое отделение – 10 коек; 

- отделение патологии новорожденных и недоношенных детей – 25 коек.

 В стационар дети поступают в сопровождении родителей или законных представителей, по направлению участковых педиатров, врачей специалистов или доставляются бригадой скорой медицинской помощи.